Baker Lake presenta un clima subártico con inviernos muy fríos que promedian alrededor de -29.5 ° C, y veranos de fríos a cálidos y lluviosos . Las temperaturas superiores a 30.0 ° C son posibles y se han registrado varias veces. Los inviernos se extienden desde octubre / noviembre hasta abril / mayo con temperaturas promedio entre -21 y -25 ° C.
